해운기업의 법인세 과세표준계산특례(톤세)는 다음의 절차에 따라 진행됩니다.
1. 5년간의 해운시황을 고려하여 톤세 선택여부 결정(해당기업)
2. 법인세 과세년도의 운항선박 내역 톤세시스템 등록(해당기업)
3. 톤세 적격요건확인서 발급 신청(해당기업)
4. 톤세 적격요건 심사 및 확인서 발급(해양수산부)
5. 법인세 신고(해당기업→관할세무서)
이중 적격확인서를 발급받기 위해서는
먼저, 당해년도에 운항한 선박의 제원을 전산시스템(www.sis.go.kr)에 입력(해당기업) 하고,
다음으로, 선박의 운항내역을 시스템에 입력하여야 합니다.
그리고, 적격요건확인서 발급신청서에 시스템에서 출력되는 운항선박내역을 첨부하여 선주협회를 통하여 해양수산부에 제출하면 제출된 신청서 및 내역을 검토하여 적격요건 확인서를 발급하게 됩니다.
* 관련법규 : 조세특례제한법 톤세제 적용 적격기업 확인서발급 사무처리 요령
출처: 해양수산부
