부가가치세 신고 중 궁금한 사항이 있어 문의드립니다.

저희가 기계장치를 구입하면서 기계를 제작하는 업체로부터 세금계산서를 미리 발급받아 매입세액 공제 신고하였다가

세무서에서 공제대상이 아니라고 하여 불공제 되었습니다.

이후, 기계 제작이 완료되어 설치하고 대금을 지급하였는데 제조업체에 다시 세금계산서를 발행하여 달라고 하니
이미 발행하였던 것이라 안된다고 하였습니다. 해서, 세무서에 매입자발행세금계산서를 신청하였는데 이런 경우
매입자발행세금계산서는 매입세액 공제가 되는 건가요?

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항상 국세행정에 협조와 관심을 가져주신데 대하여 감사를 드립니다.
 
귀하께서는 공급시기 이전에 세금계산서를 발급받았다가 세무서로부터 매입세액 불공제 처분을 받은 후

공급이 완료된 이후 매입자발행세금계산서를 발행받은 경우 매입세액 공제 가능 여부에 대해 문의하셨습니다..
 
* 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급시기에 발행하는 것이 원칙이고,

특례 규정으로 재화의 공급시기가 도래하기 전에 대가를 지급하는 경우 대가의 지급시에 세금계산서를

발급받으실 수 있습니다.

귀하께서는 당초 대금의 지급 없이 공급시기 이전에 세금계산서를 발급받아 부가가치세 환급신청을 하였기에

관할 세무서에서 부가가치세 매입세액 공제 대상이 아닌 것으로 보아 매입세액 불공제 처분을 한 것입니다.

이후, 재화의 공급시기로부터 3개월 이내에 관할세무서장에게 거래사실 확인신청을 하고 승인을 받으면

세금계산서를 발행하는 것이 "매입자발행세금계산서"이며 해당 매입자발행세금계산서의 매입세액은

「조세특례제한법 시행령」 제121조의4 제11항 및 「부가가치세법」제17조 제1항에 따라 매출세액에서

공제를 할 수 있는 것입니다.

 

* 참고로, 2005년 10월 국세청 질의회신에서는 "재화의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급받아 매입세액 불공제 처분된 경우, 재화의 공급시기에 적법하게 발급받은 세금계산서의 매입세액도 공제할 수 없다"고 (서면3팀-1795, 2005.10.17.) 하였었으나

 

  - 이후, 기획재정부에서 위의 사례의 경우 해당 매입세액을 공제할 수 있는 것으로 해석 변경하였습니다.

    (재소비-36, 2006.1.11.)


* 관련규정

 - 조세특례제한법시행령 제126조의4 [매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액 공제 절차 등] 
   ⑪ 제10항에 따라 매입자발행세금계산서를 교부한 신청인은 「부가가치세법」제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제49조에 따른 확정신고 또는 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따른 경정청구시 기획재정부령이 정하는 매이자발행세금계산서합계표를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 「부가가치세법」제37조, 제38조 및 제63조제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.
 
 - 기획재정부 재소비-36, 2006.01.11.

   사업자가 공급시기가 도래하기 전에 건설용역에 대한 대가를 전혀 지급하지 아니하고 세금계산서를 교부받은 경우에는 당해 용역과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임. 다만, 계약 등 당해 거래에 대한 공급시기가 도래하여 세금계산서를 적법하게 교부받은 경우에는 매입세액 공제가 가능한 것임.

 
앞으로도 세금과 관련된 궁금한 사항이 있으시면 국세청 세미래콜센터(국번없이 126)나 국세청 홈페이지(http://nts.go.kr)를 이용하시면 도움을 받으실 수 있습니다.
 
고객님께 항상 행복과 건강이 함께 하시길 기원합니다. 감사합니다.

    담당부서 : 국세청 대전지방국세청 서산세무서 납세자보호담당관 (☎ 041-660-9212)
    관련법령 :
조세특례제한법제126조의4(매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례) 

출처: 국민신문고

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